Die Eröffnungsausstellung "Verfolgte Kunst in Europa im 20. Jahrhundert" umfasst Arbeiten verfolgter russischer Künstler aus den 20er und 30er Jahren und der 50er und 80er Jahre, deutsche Künstler, die unter den Nationalsozialisten als "entartet" klassifiziert wurden, Werke der unter dem faschistischen Regime Spaniens verfolgten Künstler sowie verfemte Maler Europas. Den Grundstock der Ausstellung bildet die Sammlung des in Köln lebenden Ehepaares Kenda und Jacob Bar-Gera. Jacob ist im Januar 2003 verstorben.

"In unserer Stadt leben Einwanderer aus mehr als 20 verschiedenen Staaten, viele aus Ländern mit totalitären Regimes. Wir müssen unsere Jugend zu Freiheit und Toleranz erziehen. Diese Ausstellung verfolgter Kunst wird sicherlich ein wichtiger Teil dieser Erziehung sein", sagte der Oberbürgermeister der Stadt Ashdod Zvi Zilker. Dem Museum soll zukünftig ein Forschungsinstitut angeschlossen werden, das der Thematik "Verfolgte Kunst und Künstler" unter kunsthistorischen, zeitgeschichtlichen, soziologischen und politologischen Aspekten nachgeht und die Wechselwirkung zwischen Kunst und Politik untersucht.

Erstmalig widmet sich ein Ausstellungskonzept der direkten Gegenüberstellung russischer, deutscher und spanischer verfolgter Kunst. Das Museum will zu einer Rehabilitierung der Künstler und ihrer Kunst beitragen und entstandene Lücken vor allem in der europäischen Kunstgeschichte schließen. Sowohl das Museum als auch das Forschungsinstitut werden vom Förderverein "Internationales Museum für Verfolgte Kunst – Israel e.V." getragen. Zur Ausstellung erscheint ein umfangreicher Katalog.